Variantes del Sars-Cov-2: características genómicas

  • Dra. Fajardo Lucero Paulette Analía Universidad de Guayaquil Guayaquil - Ecuador https://orcid.org/0000-0003-1020-8748
  • Dr. Navarrete Martínez Jhon Arturo Universidad de Guayaquil Guayaquil - Ecuador
  • Dra. Marcillo Ypanaqué Sheylla Aslhey Universidad de Guayaquil Guayaquil - Ecuador
  • Dra. García Arellano Alida Alexandra Universidad de Guayaquil Guayaquil - Ecuador
Palabras clave: covid-19, sars-cov 2, fisiopatología, variantes, nomenclatura

Resumen

La pandemia causada por el COVID-19 es de gran impacto, puesto a que en la actualidad se siguen identificando nuevas secuencias genómicas asociadas al síndrome respiratorio severo causados por el SARS-CoV-2, por lo que la Organización Mundial de la Salud (OMS), consideró monitorear las nuevas variantes a nivel global para rastrear el mecanismo de acción y evaluar la situación, así que establecieron de manera informal un grupo destinado al estudio de la evolución de las variantes, el cual se denominó Grupo Experto de Trabajo de la Evolución del Virus (VEWG), posteriormente se formalizaron, cambiando su nombre a Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution (TAG-VE), los cuales debaten sobre la transmisibilidad, las presentaciones clínicas, severidad de la enfermedad, diagnósticos y tratamiento.

Este articulo tiene como finalidad contribuir con información actualizada de los 2 últimos años sobre el COVID-19.

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Citas

Alessandrini F., C. S. (2020). Evaluation of the Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 research panel by massive parallel sequencing. Genes (Basel). doi:10.3390/genes11080929

Anthes, E. (2021). La variante delta: lo que saben los científicos. Obtenido de The New York Times: https://www.nytimes.com/es/2021/06/23/espanol/coronavirus-variante-delta.html

Azkur AK, A. M.-C. (2020). Immune response to SARS-CoV-2 and mechanisms of immunopathological changes in COVID-19. Allergy, 75(7):1564–1581.

B. Korber, W. F. (2021). Tracking the changes in SARS-CoV2 spike: Evidence that D614G increase infectivity of the COVID-19 virus. National Library of Medicine, 182(4):812-827.e19. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043

Bhargav Acharya, S. J. (2021). What Is the Delta Variant of Coronavirus With K417N Mutation? Obtenido de Medscape: https://www.medscape.com/viewarticle/953600

Bloomberg. (2022). Cypriot scientist says Deltacron COVID variant not error. Obtenido de https://www.bloomberg.com/news/articles/2022-01-09/cypriot-scientist-says-covid-19-variant-deltacron-not-an-error

Callaway, E. (2021). Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert. Nature. doi:10.1038/d41586-021-03552-w

CDC. (2021). SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. Obtenido de Centers for Disease Control and Prevention: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html

CDC. (1 de 12 de 2021). SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. Obtenido de Center for Disease Control and Prevention: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html?CDC_AA_refVal=https%3A%2F%2Fwww.cdc.gov%2Fcoronavirus%2F2019-ncov%2Fvariants%2Fvariant-info.html

Chang-Monteagudo A, O.-A. R.-R. (2021). A single dose of SARS-CoV-2 FINLAY-FR-1A dimeric-RBD recombinant vaccine enhances neutralization response in COVID-19 convalescents, with excellent safety profile. a preliminary report of an open-label phase 1 clinical trial. medRxiv.

Colson P, F. P.-G.-D. (s.f.). Analysis of SARS-CoV-2 variants from 24,181 patients exemplifies the role of globalisation and zoonosis in pandemics. medRxiv. doi:https://doi.org/10.1101/2021.09.10.21262922

Diseases, N. I. (2022). SARS-CoV-2 Assessment of Viral Evolution (SAVE) Program. Obtenido de https://www.niaid.nih.gov/research/sars-cov-2-assessment-viral-evolution-program

Duggan J, M. N. (2021). 75 more cases of Omicron Covid found in England and more than half are in double jabbed, health officials revel. The Sun.

England, P. H. (2021). Variantes preocupantes del SARS-CoV-2 y variantes bajo investigación en Inglaterra.

FDA. (2021). FDA authorizes REGEN-COV monoclonal antibody therapy for post-exposure prophylaxis (prevention) for COVID-19. Obtenido de https://www.fda.gov/drugs/drug-safety-and-availability/fda-authorizes-regen-cov-monoclonal-antibody-therapy-post-exposure-prophylaxis-prevention-covid-19#:~:text=The%20U.S.%20Food%20and%20Drug%20Administration%20today%20revised,progression%20to%20severe%2

GISAID. (2021). Seguimiento de Variantes. Obtenido de https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

Hillus D, S. T.-L. (2021). Lancet Respir Med. doi:10.1016/S0140-6736(21)02046-8

Hussin A. Rothana, S. N. (2020). The epidemiology and pathogenesis of coronavirus disease (COVID-19) outbreak. Journal of Autoimmunity. doi:10.1016/j.jaut.2020.102433.

J. A. Plante, Y. L. (2021). Spike mutation D614G alters SARS-CoV-2 fitness. Nature 592, 116 - 121.

JingLu, A. D. (2022). Virological. Obtenido de https://www.nature.com/articles/s41467-022-28089-y

Karim SSA, K. Q. (2021). Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic. Lancet, 398:2126-2128.

Kumar S, T. T. (2021). Variante Omicron y Delta del SARS-CoV-2: un estudio computacional comparativo de la proteína espiga. BioRxiv. doi:10.1101/2021.12.02.470946

Lauring AS, H. E. (2021). Genetic Variants of SARS-CoV-2-What Do They Mean? JAMA, 325(6):529-31. doi:10.1001/jama.2020.27124

Martínez-Delgadillo, M. (2021). Variante delta: Su llegada a Colombia y la efectividad de las vacunas. Obtenido de Pesquisa Javeriana: https://www.javeriana.edu.co/pesquisa/variante-delta-su-llegada-a-colombia-y-la-efectividad-de-las-vacunas/

Min Kang, H. X. (2021). “Transmission dynamics and epidemiological characteristics of Delta variant infections in China. MedRxiv. doi:https://doi.org/10.1101/2021.08.12.21261991

Ministerio de Salud Pública. (2022). MSP detectó subregistro y actualizó datos de contagios y decesos de COVID-19. Obtenido de www.salud.gob.ec

Mohammadi M, S. M. (s.f.). The impact of spike mutated variants of SARS-CoV2 [Alpha, Beta, Gamma, Delta, and Lambda] on the efficacy of subunit recombinant vaccines. Elsevier Public Health Emergency Collection. doi:10.1016/j.bjid.2021.101606

Nextstrain . (2021). Nextclade Web 1.10.0, Nextclade CLI 1.7.0. Obtenido de https://nextstrain.org/sars-cov-2/

Oróstica KY, C. S.-O. (2021). Firmas mutacionales y transmisibilidad de las variantes Gamma y Lambda del SARS-CoV-2. Obtenido de ArXiv.org: http://arxiv.org/abs/2108.10018

PANGO, L. (2020). Últimos linajes epidemiológicos del SARS-CoV-2. Obtenido de https://cov-lineages.org/resources/pangolin.html

PHE. GOV.UK. (2020). Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: technical briefings. Obtenido de https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201

Public Health England. (2020). nvestigation of novel SARS-CoV-2 variant: variant of concern 202012/01, technical briefing 3. London, United Kingdom: Public Health England. Obtenido de https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf

Rambaut A., L. N. (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations - SARS-CoV-2 coronavirus /nCoV-2019 Genomic Epidemiology. Obtenido de Virological: https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563.

Ricardo Ariel Zimerman, P. A. (2021). Comparative genomics and characterization of SARS-CoV-2 P.1 (Gamma) Variant of Concern (VOC) from Amazonas, Brazil. MedRxiv. doi:10.1101/2021.10.30.21265694

Sanjuan R, D.-C. P. (2016). Mechanisms of. Cellular and Molecular Life Sciences, 73-74. doi:10.1007/s00018-016-2299-6

SOCHINF. (2021). Variante Delta. Obtenido de https://sochinf.cl/comunicado-sochinf-sars-cov-2-variante-delta-en-chile.%20Julio%202021

The Human Protein Atlas. (2020). Tissue expression of Furin. Recuperado el 23 de 12 de 2021, de https://www.proteinatlas.org/ENSG00000140564-FURIN/tissue.

Thoms M, B. R. (2020). Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2. Science, 369(6508):1249-55. doi:10.1126/science.abc8665

Wang R, Z. Q. (2021). Analysis of SARS-CoV-2 variant mutations reveals neutralization escape mechanisms and the ability to use ACE2 receptors from additional species. Obtenido de Immunity: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761321002478/pdfft?md5=b54b25fb60378ed257dcdf1112249413&pid=1-s2.0-S1074761321002478-main.pdf

WHO. (2020). Tracking SARS-CoV-2 variants. Recuperado el 20 de 12 de 2021, de https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants

World Health Organization. (2021). COVID-19 Weekly Epidemiological Update. United Nations Office for the Coordination of Humanitarian Affairs, 2-3.

Wrapp D, W. N.-L. (2020). Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science, 13;367(6483):1260-1263. doi:10.1126/science.abb2507

Wurtz N, P. G. (2021). Culture of SARS-CoV-2 in a panel of laboratory cell lines, permissivity, and differences in growth profile. Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 477–484.

Xia S, Z. Y. (Julio de 2020). Fusion mechanism of 2019-nCoV and fusion inhibitors targeting HR1 domain in spike protein. Cell Mol Immunol, 17(7):765-767. doi:10.1038/s41423-020-0374-2.

Publicado
2022-02-04
Cómo citar
Fajardo Lucero , D. P. A., Navarrete Martínez, D. J. A., Marcillo Ypanaqué , D. S. A., & García Arellano , D. A. A. (2022). Variantes del Sars-Cov-2: características genómicas. Ciencia Latina Revista Científica Multidisciplinar, 6(1), 1744-1763. https://doi.org/10.37811/cl_rcm.v6i1.1608
Sección
Artículos