Reutilizar, un acto poco trabajado en biología molecular. Aprendizaje de la pandemia por SARS-CoV-2

  • Rubén D. Duré Laboratorio Curie SRL - Universidad Católica Nuestra Sra. de Asunción -Paraguay
  • Sandra B. González Laboratorio Curie SRL Asunción-Paraguay
  • Ruth N. Zarate Laboratorio Curie SRL Asunción-Paraguay
  • Andrea L. Fernández Universidad Católica Nuestra Sra. de Asunción -Paraguay
  • Yessica L. García Universidad Católica Nuestra Sra. de Asunción-Paraguay
  • María T. Martínez de Filartiga Laboratorio Curie SRL Asunción-Paraguay

Resumen

El primer paso para iniciar el análisis molecular de muestras biológicas es la extracción de los ácidos nucleicos. El método de elección más empleado es el de la cromatografía en columnas de sílica debido al alto grado de pureza que se consigue, sumado a la rapidez/simplicidad de la técnica. Por otra parte, es un método costoso que genera residuos plásticos por ser de un solo uso. Considerando esto, planteamos una estrategia para reutilizar las columnas proponiendo un método de inactivación de las columnas previamente utilizadas, y su activación con el propósito de regenerar la matriz de sílica; a este proceso lo denominamos regeneración de columnas. Hemos conseguido demostrar que la reutilización de las columnas regeneradas es eficaz al no detectarse material amplificable por RT-qPCR tras usar como muestra agua eluida a través de la misma.

El beneficio del método desarrollado se resume en la utilidad y ahorro que se le puede dar a los reactivos y materiales fungibles de laboratorio para realizar tanto diagnósticos clínicos como para investigación en países que se ven limitados en recursos y adquisición de kits para diagnóstico.

Palabras clave: columnas de purificación RNA regeneradas, RT-qPCR;SARS-CoV-2, covid-19

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Citas

Zhou, Y., Zhang, , Y., He, W., Wang, J., Peng, F., Huang, L., . . . Deng, W. (2018). Rapid Regeneration and Reuse of Silica Columns from PCR Purifcation and Gel Extraction Kits. Scientific Reports, 1-11.

Alafeef, M., Moitra, P., Dighe, K., & Pan, D. (2021). RNA-extraction-free nano-amplified colorimetric test for point-of-care clinical diagnosis of COVID-19. Nature Protocols, 3141–3162.

Biswal, J. K., Ranjan, R., Singh Dahiya1, S., Mallick, S., & Mohapatra, J. K. (2021). Regenerated silica‐based RNA purifcation columns to address. Molecular Biology Reports, 48, 6871–6877.

Claas, E., Smit, P., Van Bussel, M., Verbakel, H., Taouil, M., Verweij, J., & Thijsen, S. (2021). A two minute liquid based sample preparation for rapid SARS-CoV2 real-time PCR screening: A multicentre evaluation. Journal of Clinical Virology, 135, 104-105. doi:10.1016/j.jcv.2020.104720

Falzone, L., Gattuso, G., Tsatsakis, A., Spandidos, D. A., & Libra, M. (2021). Current and innovative methods for the diagnosis of COVID 19 infection (Review). International Journal of Molecular Medicine, 1-20.

Genoud, V., Stortz, M., Waisman, A., Berardino, B. G., Verneri, P., Dansey, V., . . . Valeria, L. (26 de Febrero de 2021). Extraction-free protocol combining proteinase K and heat inactivation for detection of SARS-CoV-2 by RT-qPCR. PLOS ONE. doi:doi.org/10.1371/journal.pone.0247792

Grant, P. R., Turner, M. A., Shin, G. Y., Nastouli, E., & Levett, L. J. (2020). Extraction-free COVID-19 (SARS-CoV-2) diagnosis by RT-PCR to increase capacity for national testing programmes during a pandemic. bioRxiv, 1-6.

Heinz Esser, K., Marx, W., & Lisowsky, T. (2005). Nucleic acid-free matrix: Regeneration of DNA binding columns. Biotechniques, 270 - 271.

Hougs L, G. F. (2017). Verification of analitycal methods for GMO testing implementing interlaboratory validated mehods. European Union: JRC Science Hub. doi:10.2760/64114

Mote, R., Laxmikant, S., Bansi, S., Tiwari, M., Singh, H., Srivastava, J., . . . Subramanyam, D. (2021). A cost-effective and efficient approach for generating and assembling reagents for conducting real-time PCR. Journal of Biosciences, 1-16.

Nicosia, A., Tagliavia, M., & Costa, S. (2010). Regeneration of total RNA purification silica-based columns. Biomedical Chromatografic, 1263-1264. doi:10.1002/bmc.1418

OMS. (11 de Marzo de 2020). WHO. Obtenido de https://www.who.int/director-general/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---11-march-2020

OMS. (2017 de Enero de 2020). WHO. Obtenido de https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330861/9789240001237-spa.pdf

Rao, S. N., Manissero, D., Steele, V. R., & Pareja, J. (28 de Julio de 2020). A Systematic Review of the Clinical Utility of Cycle Threshold Values in the Context of COVID-19. Infectious Diseases and Therapy volume, 573-586. doi:doi.org/10.1007/s40121-020-00324-3

Sampaio Osório, N., & Correia-Neves, M. (2021). Implication of SARS-CoV-2 evolution in the sensitivity of RT-qPCR diagnostic assays. The Lancet Infectious Diseases, 166-167.

Shi, R., Lewis, R., & Panthee, D. (7 de Diciembre de 2018). Filter paper-based spin column method for cost-efficient DNA or RNA purification. PLoS ONE, 1 - 14. doi:10.1371

Siddappa, N. B., Avinash, A., Venkatramanan, M., & Ranga, U. (2007). Regeneration of commercial nucleic acid extraction columns without the risk of carryover contamination. Biotechniques, 186-188. doi:10.2144/000112327

Vogels, C. B., Brito, A. F., Wyllie, A. L., Fauver, J. R., Kalinich, C. C., Petrone, M. E., & Casanovas-Massana, A. (2020). Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-CoV-2 RT–qPCR primer–probe sets. Nature Microbiology, 1299-1305.

Walker AS, P. E. (12 de julio de 2021). COVID-19 Infection Survey team. Ct threshold values, a proxy for viral load in community SARS-CoV-2 cases, demonstrate wide variation across populations and over time. doi:10.7554/eLife.64683

Woldesemayat, B., Gebremicael, G., Zealiyas, A., Sisay, Y., Adane 2, M. Y., Gadissa, G., . . . Desta, K. (2022). Effect of heat inactivation for the detection of severe acute respiratory syndrome-corona virus-2 (SARS-CoV-2) with reverse transcription real time polymerase chain reaction (rRT-PCR): evidence from Ethiopian study. BMC Infectius diseases. doi:10.1186/s12879-022-07134-7

Publicado
2022-03-22
Cómo citar
Duré, R., González, S., Zarate, R. N., Fernández , A., García, Y., & Martínez de Filartiga, M. (2022). Reutilizar, un acto poco trabajado en biología molecular. Aprendizaje de la pandemia por SARS-CoV-2. Ciencia Latina Revista Científica Multidisciplinar, 6(2), 612-630. https://doi.org/10.37811/cl_rcm.v6i2.1910
Sección
Artículos